Filosofi Simbol
- Bumi sebagai bentuk Islam Rahmatan lil Alamin
- Lilin sebagai bentuk Cahaya Ilmu
- Tulisan Arab “Al Mawaddah Warrahmah” sebagai jati diri Institusi berbasis Kepesantrenan
- Kitab sebagai bentuk landasan pergerakan yang berdasar Al Quran, Hadits, Ijma dan Qiyas Ulama.
- Pena sebagai bentuk Ta’lim, Tarbiyah, Ta’dib dan Tadrib
- Warna hijau sebagai bentuk Harmonisasi Alami
- Sudut lima pada lingkaran luar sebagai perwujudan Pancasila (Tonggak NKRI) dan Rukun Islam (Tonggak Islam)
- Tulisan Indonesia “Universitas Sains Islam Al Mawaddah Warrahmah Kolaka”sebagai Identitas Instutisi